形態比較等によるこれら従来の系統方法は、各目の単系統性・目間の類縁関係など不明点が多く指摘されていた。
1990年代以降、分子生物学の進歩とともに、その手法により従来分類の課題を乗り越えんとする全く新しい分類体系が登場してきた。その先駆けとなった、Sibley-Ahlquist鳥類分類体系の目リストを以下に示す。（下位分類の詳細は各記事参照）
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Sibley らの系統は、形態をほぼ無視していて、分子系統学的に見ても、現在から見れば萌芽期の技術であり、実際の系統を不完全にしか解明できていなかった。そのため彼らの分類は、部分的に見れば評価できる点も多いが、系統的に遠く離れた目を統合していた部分もある。しかし、鳥類分類をほぼ全面的にSibley らに従っている資料もある[7]。